แผนงบประมาณในเชิงบูรณาการงบประมาณการพัฒนาลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา เป็นหนึ่งในหลายๆ แผนตามแนวทางการดำเนินงานที่รัฐบาลประสงค์จะให้มีการจัดสรรงบประมาณในภาพรวมให้กับหน่วยงานต่างๆ ดำเนินการฟื้นฟูอนุรักษ์ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาให้เป็นไปอย่างมีระบบและสามารถสะท้อนภารกิจของรัฐบาลตามแนวนโยบายที่มุ่งเน้นให้เกิดความคุ้มค่าซึ่งได้เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2547